Τη δεκαετία 1996-2006 από το Επιχειρησιακό πρόγραμμα (ΕΠΕΑΕΚ) του Υπουργείου Παιδείας ενισχύονται πιλοτικές δράσεις για την παροχή νέων υπηρεσιών που οδηγούν στην ουσιαστική αναβάθμιση των υποδομών των Βιβλιοθηκών.
Στο πλαίσιο αυτό αφού εξασφαλίστηκαν πόροι από το ανωτέρω πρόγραμμα οι υπάρχουσες βιβλιοθήκες τμημάτων και τομέων υπάγονται διοικητικά και λειτουργικά σε μία από τις ακόλουθες έξι Κεντρικές Βιβλιοθήκες:
Κεντρική Βιβλιοθήκη Θεολογικής Σχολής, η οποία καλύπτει τις ανάγκες και απαιτήσεις των Τμημάτων της Θεολογικής Σχολής.
Κεντρική Βιβλιοθήκη Επιστημών Υγείας, η οποία καλύπτει τις ανάγκες και τις απαιτήσεις της Ιατρικής Σχολής και των Τμημάτων Οδοντιατρικής και Νοσηλευτικής.
Κεντρική Βιβλιοθήκη Θετικών Επιστημών, η οποία καλύπτει τις ανάγκες και τις απαιτήσεις των τμημάτων της Σχολής Θετικών Επιστημών (Μαθηματικό, Γεωλογίας, Χημείας, Βιολογίας, Πληροφορικής, Φυσικής) και των ανεξάρτητων τμημάτων Φαρμακευτικής και Μεθοδολογίας, Ιστορίας και Θεωρίας των Επιστημών.
Κεντρική Βιβλιοθήκη Φιλοσοφικής Σχολής, η οποία καλύπτει τις ανάγκες και τις απαιτήσεις των τμημάτων της Φιλοσοφικής Σχολής.
Κεντρική Βιβλιοθήκη Νομικών, Οικονομικών και Πολιτικών Επιστημών, η οποία καλύπτει τις ανάγκες και τις απαιτήσεις των τμημάτων της Νομικής Σχολής και του ανεξάρτητου τμήματος Επικοινωνίας και Μέσων Μαζικής Ενημέρωσης.
Κεντρική Βιβλιοθήκη Παιδαγωγικών Επιστημών, η οποία καλύπτει τις ανάγκες και τις απαιτήσεις των ανεξάρτητων τμημάτων Δημοτικής Εκπαίδευσης, Εκπαίδευσης της Προσχολικής Ηλικίας και Επιστήμης Φυσικής Αγωγής και Αθλητισμού. Σε αυτήν επίσης, εντάσσονται τα Φοιτητικά Αναγνωστήρια της Πανεπιστημιακής Λέσχης.