Το Μουσείο Παλαιοντολογίας και Γεωλογίας ανήκει και στεγάζεται στο τμήμα Γεωλογίας και Γεωπεριβάλλοντος. Διαθέτει πλούσιες συλλογές σπονδυλωτών και ασπόνδυλων ζώων, φυτικών απολιθωμάτων και άλλων παλαιοντολογικών ευρημάτων και γεωλογικών δειγμάτων, από τη χώρα μας και το εξωτερικό, οι οποίες διαρκώς εμπλουτίζονται. Διεξάγει επιστημονικές έρευνες καθώς και ανασκαφές σε όλη την επικράτεια. Είναι ανοικτό σε ημερήσια βάση στα σχολεία και το κοινό με οργανωμένες ξεναγήσεις.