Η Διεύθυνση Βιβλιοθήκης θεσμοθετήθηκε τον Οκτώβριο του 1998, ενώ τον Οκτώβριο του 2005 ιδρύθηκε η ενιαία Κεντρική Βιβλιοθήκη ως αυτοτελής και αποκεντρωμένη μονάδα σε επίπεδο Διεύθυνσης, με τίτλο «Βιβλιοθήκη και Κέντρο Πληροφόρησης του ΕΚΠΑ» (ΒΚΠ). Έργο της είναι ο συντονισμός των λειτουργιών των βιβλιοθηκών του ΕΚΠΑ.
Στη Διεύθυνση Βιβλιοθήκης, υπάγονται οι οκτώ Βιβλιοθήκες Σχολών και το Υπολογιστικό Κέντρο Βιβλιοθηκών. Συγκεκριμένα: