- Μαθηματικά (M.Sc. In Mathematics)
- Αλγόριθμοι, Λογική και Διακριτά Μαθηματικά, Διαπανεπιστημιακό ΠΜΣ από κοινού με το Τμήμα Πληροφορικής και Τηλεπικοινωνιών του Πανεπιστημίου Αθηνών και τις Σχολές Εφαρμοσμένων Μαθηματικών και Φυσικών Επιστημών (Ε.Μ.Φ.Ε.) και Ηλεκτρολόγων Μηχανικών και Μηχανικών Υπολογιστών (Η.Μ.Μ.Υ.) του Εθνικού Μετσόβιου Πολυτεχνείου.
- Βιοστατιστική, Διαπανεπιστημιακό ΠΜΣ από κοινού με την Ιατρική Σχολή του Πανεπιστημίου Αθηνών και το Τμήμα Μαθηματικών του Πανεπιστημίου Ιωαννίνων.
- Διδακτική και Μεθοδολογία των Μαθηματικών, Διαπανεπιστημιακό ΠΜΣ σε συνεργασία με το Τμήμα Ιστορίας και Φιλοσοφίας της Επιστήμης , το Τμήμα Φιλοσοφίας, Παιδαγωγικής και Ψυχολογίας και τα Τμήματα Μαθηματικών, Στατιστικής και Επιστημών της Αγωγής του Πανεπιστημίου της Κύπρου.
- Λογική και Θεωρία Αλγορίθμων και Υπολογισμού, Διαπανεπιστημιακό ΠΜΣ από κοινού με το Τμήμα Πληροφορικής και το Τμήμα ΜΙΘΕ του Πανεπιστημίου Αθηνών, το Τμήμα Ηλεκτρολόγων και Μηχανικών Υπολογιστών του ΕΜΠ, τη Σχολή Εφαρμοσμένων Μαθηματικών και Φυσικών Επιστημών του ΕΜΠ και το Τμήμα Μηχανικών Η/Υ και Πληροφορικής του Πανεπιστημίου Πατρών.
- Μαθηματικά της Αγοράς και της Παραγωγής, Διαπανεπιστημιακό ΠΜΣ από κοινού με το Τμήμα Οικονομικών Επιστημών του Πανεπιστημίου Αθηνών και το Τμήμα Πληροφορικής του Οικονομικού Πανεπιστημίου Αθηνών.
Θεμελιώσεις Πληροφορικής και Εφαρμογές (Computer Science Foundations and Applications)
Διαχείριση Δεδομένων, Πληροφορίας και Γνώσης (Data, Information and Knowledge Management)
Υπολογιστικά Συστήματα: Λογισμικό και Υλικό (Computer Systems: Software and Hardware)
Μηχανική Υπολογιστών (Computer Engineering)
Τηλεπικοινωνίες και Επεξεργασία Σήματος (Telecommunications and Signal Processing)
Δικτύωση Υπολογιστών (Computer Networking)
Μεγάλα Δεδομένα και Τεχνητή Νοημοσύνη (Big data and Artificial Intelligence)
Βιοπληροφορική – Επιστήμη Βιοϊατρικών Δεδομένων (Bioinformatics – Biomedical Data Science)
Ηλεκτρονική – Ραδιοηλεκτρολογία (Ρ/Η) (MSc in Electronics and Radioelectrology)
Ηλεκτρονικό Αυτοματισμό (Η/Α) (MSc in Control and Computing).
- ΠΜΣ Τμήματος Φυσικής
- Ηλεκτρονικής, Ραδιοηλεκτρολογίας και Αυτοματισμού, Διατμηματικό ΠΜΣ σε συνεργασία με το Τμήμα Πληροφορικής και Τηλεπικοινωνιών. με δύο κατευθύνσεις: Ειδίκευση στην Ραδιοηλεκτρολογία/Ηλεκτρονική και Ειδίκευση στον Ηλεκτρονικό Αυτοματισμό.
- Ιατρική Φυσική – Ακτινοφυσική, Διαπανεπιστημιακό - Διατμηματικό ΠΜΣ, σε συνεργασία με την Ιατρική Σχολή του Πανεπιστημίου Αθηνών, τα Τμήματα Ιατρικής του Αριστοτελείου Πανεπιστημίου Θεσσαλονίκης, του Πανεπιστημίου Ιωαννίνων, του Δημοκρίτειου Πανεπιστημίου Θράκης και του Πανεπιστημίου Κρήτης, καθώς και με την Ελληνική Επιτροπή Ατομικής Ενέργειας (Ε.Ε.Α.Ε) και το Ε.ΚΕ.Φ.Ε «Δημόκριτος».
- Μικροηλεκτρονική, σε συνεργασία με το Τμήμα Πληροφορικής και Τηλεπικοινωνιών, το Ερευνητικό Πανεπιστημιακό Ινστιτούτο Συστημάτων Επικοινωνιών και Υπολογιστών του Εθνικού Μετσόβιου Πολυτεχνείου, το Ινστιτούτο Μικροηλεκτρονικής του Εθνικού Κέντρου Έρευνας Φυσικών Επιστημών "Δημόκριτος" και το Institut National Polytechnique de Grenoble.
- Ναυτική και Θαλάσσια Τεχνολογία και Επιστήμη, Διατμηματικό ΠΜΣ σε συνεργασία με τις Σχολές Ναυπηγών Μηχανολόγων Μηχανικών, Μηχανολόγων Μηχανικών, Αγρονόμων Τοπογράφων Μηχανικών, Ηλεκτρολόγων Μηχανικών και Μηχανικών Υπολογιστών και Εφαρμοσμένων Μαθηματικών και Φυσικών Επιστημών του Εθνικού Μετσόβιου Πολυτεχνείου καθώς και του Εθνικού Κέντρου Θαλάσσιων Ερευνών (ΕΚΘΕ).
- Ωκεανογραφία και Διαχείριση Θαλασσίου Περιβάλλοντος, Διατμηματικό ΠΜΣ σε συνεργασία με τα Τμήματα Βιολογίας, Γεωλογίας και Γεωπεριβάλλοντος και Χημείας.